อำมาตย์โท พระยาประจันตประเทศธานี มีนามเดิมว่า ท้าวโหง่นคำ หรือท้าวคำ ถือกำเนิดในตระกูลเจ้านายจากคณะอาญาสี่แห่งเมืองสกลนคร ซึ่งเป็นตระกูลที่สืบเชื้อสายจากเจ้านายผู้สร้างเมืองมหาไชยกองแก้ว และเจ้านายในราชวงศ์ศรีโคตรบูรของเมืองนครพนมในอดีต พระยาประจันตประเทศธานี (โง่นคำ) กำเนิดหลังสมัยเจ้าอนุวงศ์แห่งนครเวียงจันทน์ราว ๑๑ ปี ซึ่งตรงกับรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๓) แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เมื่อวันอาทิตย์ เดือนยี่ ขึ้น ๑๕ ค่ำ ปีกุน เอกศก จ.ศ. ๑๒๐๑ ตรงกับวันที่ ๑๙ มกราคม พ.ศ. ๒๓๘๒ พระยาประจันตประเทศธานี (โง่นคำ) เป็นบุตรของเจ้าราชวงศ์อิน (อินทร์ หรือ จันทร์) เจ้านายในคณะอาญาสี่เมืองสกลนคร กับอัญญานางเทพ[2] ฝ่ายพระอัยกา (ปู่) พระนามว่า อุปฮาดพระนาคี (กิ่ง หรือ กิ่งหงษา) เจ้านายในคณะอาญาสี่เมืองมหาไชยกองแก้วของลาว พระปัยกา (ทวด) ทรงพระนามว่า พระบุรมราชากิตติศัพท์เทพฤๅยศ ทศบุรีศรีโคตรบูรหลวง คนทั่วไปรู้จักกันในพระนาม พระบรมราชา (พรหมา) ต้นตระกูล พรหมประกาย ณ นครพนม แห่งจังหวัดนครพนม เจ้าผู้ปกครองเมืองนครพนมเมื่อครั้งเป็นประเทศราชของเวียงจันทน์และสยาม โฮงหรือวังเดิมของพระยาประจันตประเทศธานีตั้งอยู่ ณ ตำบลธาตุเชิงชุม ใกล้วัดพระธาตุเชิงชุม ในตัวเมืองสกลนคร พระยาประจันตประเทศธานี (โง่นคำ) ได้ศึกษาอักขระสมัยตามประเพณีบุตรหลานเจ้านายบ้านเมืองลาว รู้หนังสือลาวทั้งอักษรลาวอักษรธัมม์และหนังสือไทยโดยสมควร มีสติปัญญาฉลาดหลักแหลมมาแต่กำเนิด[3]